Родился 4 мая 1980 года в Нижнем Новгороде.
 
Отец — Вячеслав Анатольевич — слесарь механосборочных работ на заводе OAO ПКО «Теплообменник», мать — Людмила Николаевна — контролер на том же заводе. Сергей был единственным в семье ребенком.
С детства был очень аккуратным мальчиком. Уважал порядок во всем. Любил природу и животных. Дома у Сергея был хомячок Фомка, за которым он ухаживал, а летом в деревне лучшим другом был пес Дунай. Самое вкусное всегда делил с ним. В школе Сергей учился хорошо, увлеченно. Занимался велоспортом и мечтал стать врачом-хирургом. После окончания девяти классов средней общеобразовательной школы № 119 Нижнего Новгорода, поступил в медицинское училище № 1.
В 1998 году окончил училище, получив специальность медбрата, параллельно окончил курсы косметологии и лечебного массажа. Сергей — человек очень целеустремленный и, мечтая в детстве стать врачом, шел к этой цели уверенно.
В 1998 году он поступает в Нижегородский медицинский институт, позже переходит в Военно-медицинский институт ФСБ России. С января 2005 года Сергей работает врачом-хирургом отделения экстренной меди цинской помощи госпиталя ГУВД Нижегородской области.
Родители, конечно же, любили и гордились своим сыном. У него было много друзей. Коллеги по работе на вопрос, каким был Сергей, отвечали: «Добрый, веселый, улыбающийся мальчишка, человек, про которого не скажешь ничего плохого». Более близкие друзья, знавшие его хорошо, говорили, что в нем был «стержень» и этот «стержень» не давал ему прогибаться под трудностями и помогал справляться с неприятностями.
В феврале 2006 года вместе с мобильным отрядом МВД России был направлен в Ингушетию. Воевал в Чечне. Принимал участие в спецмероприятиях по задержанию членов незаконных воинских формирований под станцией Нестеровская Суйжемского района Республики Ингушетии 31 мая 2006 года и 18 июня 2006 года и на окраине н.п. Экажево. 14 июня 2006 года участвовал в бою с бандой чеченских боевиков под н.п. Али-Юрт Назранского района Республики Ингушетия, в результате которого было уничтожено три бандита, одним из которых был полевой командир Нальгиев Адам Салманович, а 10 июля уничтожено четыре бандита, в том числе и преступник, полевой командир Шамиль Басаев.
3 августа 2006 года старший лейтенант медицинской службы Коногов сопровождал в госпиталь Владикавказа больного сотрудника. Автомобиль медицинской помощи был обстрелян боевиками из автоматического оружия. Сергей до конца выполнил клятву врача, закрыв своим телом больного сотрудника. Oт полученных огнестрельных ранений старший лейтенант Коногов скончался. Ему оставалось всего две недели до окончания срока командировки. Награжден орденом Мужества (посмертно), знаком «За верность долгу» и медалью «МВД России 1802-2002 гг.».
Похоронен на аллее Героев кладбища «Красная Этна», Нижний Новгород.